Infelizmente você não foi o único. O pior é que comprou um REP por conta da Portaria 1510, e só depois saber que nenhum REP sequer atende à 1510. E se não houver mudança no texto da 1510, não terá INMETRO que dê jeito nisto. Nenhum equipamento é capaz de cumprir à íntegra aquele texto.
Bom, mas aí vai nossa opinião:
1) Provavelmente sim.
2) No nosso ponto de vista, qualquer opção é melhor que o REP, pela insegurança jurídica que ele traz.
3) Nossa opinião é de que qualquer correção feita nos registros pode soar como fraude. Afinal, é assim que o MTE pensa o controle de ponto. As empresas a partir de agora terão que ser mesmo muito rígidas com isto, se não quiserem sofrer sanções futuras.

Lembre-se de uma coisa: a portaria 1510 não está em vigor. Por isto o REP não precisa ser utilizado.

Segundo o MTE, isto não pode ocorrer.

As regras da Portaria 1510 não são claras em muitos casos.
Impossível dizer o que isto pode acarretar, pois depende de muitos fatores.
Amigo, o MTE tentou acabar com fraudes e erros no ponto. Impossível!
A dica é que fique atento e em caso de dúvidas questione ao RH da empresa.

No site do MTE diz o seguinte:

95 . A empresa que no mesmo local físico tenha mais que um CNPJ (atividades diferentes) e os empregados estão
alocados cada um no seu CNPJ de registro deverá adquirir mais de um REP, ou poderá usar o mesmo REP para todas as
marcações?
Segundo a Instrução Normativa Nº 85/2010, cada Registrador Eletrônico de Ponto – REP somente poderá conter empregados
do mesmo empregador, excetuados os seguintes casos:
I – registro de jornada do trabalhador temporário regido pela Lei nº 6.019, de 3 de janeiro de 1974 no REP do tomador de
serviços, posto que a subordinação direta por este exercida obriga-o a atender ao disposto no § 2º do art. 74 da CLT em
relação ao referido trabalhador, sem prática discriminatória em comparação aos demais empregados; e
II – empresas de um mesmo grupo econômico, nos termos do § 2º do art. 2º da CLT, que podem determinar a consignação
das marcações de ponto no mesmo REP dos seus empregados que compartilhem o mesmo local de trabalho ou que estejam
trabalhando em outra empresa do mesmo grupo econômico.
Parágrafo único. Ocorrendo alguma das situações mencionadas nos incs. I e II do caput, o Programa de Tratamento de
Registro de Ponto deverá identificar o empregado e considerar as respectivas marcações para o controle de ponto da
empresa empregadora.

Reforçamos que este site não é um site de consultas sobre o REP. Dúvidas devem ser solucionadas com o MTE.
Aqui, amigo, nossa função é somente a de apontar os erros da Portaria 1510 e dos REP.
Mesmo assim, obrigado por sua visita.

já tenho REP (relógio que imprime o ticket – portaria 1510), posso registrar matriz e filiais que funciona no mesmo local no mesmo sistema de ponto eletrônico

agradeço desde já,

Flavio